Nel corso del IV secolo, il Cristianesimo si diffuse rapidamente ad Aquileia. Per venire incontro alle conversioni sempre più numerose, fu costruito un nuovo Battistero  che ancor oggi possiamo ammirare accanto alla Basilica. Di forma quadrata, con quattro absidi contrapposte, l’edificio ospitava al centro il fonte battesimale, prima ottagonale e poi esagonale. Gradini rivestiti di marmo permettono di accedere alla vasca, dove i fedeli venivano immersi durante il rito del Battesimo. Su ciascuno degli spigoli del fonte fu aggiunta in seguito una colonna, che a sua volta reggeva una copertura.

Ai lati del Battistero, sorgevano due ampie sale simmetriche di forma rettangolare, la Nordhalle (sala nord) e la Südhalle (sala sud), così denominate dagli archeologi austriaci che le portarono alla luce sul finire dell’Ottocento.

Entrambi gli ambienti erano dotati di pavimenti musivi datati tra la fine del IV e i primi decenni del V secolo. Di quello settentrionale rimangono solo piccoli lacerti; quello meridionale conserva invece un'ampia superficie istoriata, con figure di animali ed elaborati motivi geometrici, tra i più notevoli tesori dell’Aquileia paleocristiana.

I mosaici sono conservati in nuova struttura museale, nel quale è esposto il bellissimo frammento musivo del pavone appartenente al lungo corridoio (nartece) tra la Südhalle e la basilica. Simbolo di immortalità e di resurrezione, esso rapisce il visitatore con i suoi colori sgargianti e per la raffinatezza dell’esecuzione.