La nuova Basilica settentrionale, costruita intorno alla metà del IV secolo, occupa lo spazio dell’aula nord di Teodoro e degli ambienti intermedi. Assai più estesa rispetto alle aule di culto precedenti, si articolava in tre navate, sorrette da colonne.

Attualmente rimangono pochi frammenti superstiti del pavimento, a semplici motivi geometrici, una parte delle fondazioni e delle basi di sostegno dei colonnati.

Buona parte del complesso, oggi ricoperta, si estende oltre i limiti dell’attuale cripta, in direzione del retrostante Cimitero di Guerra. I muri perimetrali nord e ovest si sovrapposero a quelli del complesso teodoriano; il muro orientale è facilmente riconoscibile all’ingresso della cripta degli scavi. Davanti alla facciata, nell’area dell’attuale piazza Capitolo, si sviluppava un ampio quadriportico.