Un grandioso ciclo di affreschi risalente alla fine del XII secolo adorna la cripta costruita sotto l’altare maggiore della Basilica.

Figure di Santi, scene della Passione e la storia dei Santi Ermagora e Fortunato si affacciano dal soffitto e dalle pareti, dove un suggestivo racconto per immagini fonde i diversi temi in un insieme coerente.

Creata probabilmente già all’inizio del IX secolo, nell’XI secolo la cripta assume le forme attuali, con la volta a crociera sorretta da sei colonne che dividono l’ambiente in tre navatelle.