Scoperta poco prima della Grande Guerra, la Cripta degli Scavi conserva le testimonianze di diversi edifici che si sono sovrapposti nel corso della storia: i pavimenti a mosaico di una dimora signorile di età augustea, i resti di magazzini portuali risalenti al II-III secolo, i mosaici e i rivestimenti in cocciopesto dell’Aula Teodoriana Nord, parzialmente occupata dalla base del campanile, i resti della grande Basilica post-teodoriana, costruita alla metà del IV secolo per accogliere i fedeli sempre più numerosi e affiancata da un nuovo battistero.

Imperdibile il grande mosaico voluto dal vescovo Teodoro, dove figure di uccelli, cavalli alati, aragoste, tartarughe indicano la via della salvezza in una complessa trama di simboli.